Vücuda dışardan herhangi bir kimyasal madde verilmediği için akupunktur tedavisi doğal bir tedavi yöntemidir ve hiçbir yan etkisi bulunmamaktadır. Sadece uygulanmadığı üç durum vardır:

1. Emziren anneler (ilk 6 ay)
2. Radyoterapi ve kemoterapi görmekte olan kanser hastaları
3. Kalbine pace-maker (kalp pili) takılmış olan kişiler.
Bunların haricinde herkese uygulanabilir.